A Espanha depois de vencer Portugal numa guerra de dois anos na fronteira, os reis Fernando e Isabel, começaram a interessar-se pelas terras de além mar. Com a viagem vitoriosa de Colombo à América, em 1492, o Papa Alexandre VI, um espanhol de Valência, reconheceu em duas bulas, a Inter Caetera, o direito de posse dos espanhóis sobre o que o navegante genovês havia descoberto e rejeitou as reclamações de D. João II de que as novas terras pertenciam a Portugal.

O Rei não se conformou e ameaçou com outra guerra. A controvérsia induziu os dois países a negociarem, frente a frente. Na Espanha, um tratado para dividir o vasto novo mundo que todos pressentiam:

"O Tratado de Tordesilhas".

Mas à medida que foi sendo consolidado o comércio na rota das índias, a partir da sua descoberta em 1498, a coroa foi absorvendo gradualmente os poderes da Ordem. Até que em 1550 o rei D. João III fez o papa Júlio III fundir as duas instituições. Com isso, o grão-mestre passa a ser sempre o rei de Portugal, e o seu filho tem o direito de sucedê-lo também no comando  da Ordem de Cristo e das expedições.

Mas o sucesso atraía a competição. A Espanha, tradicional adversária, também fazia política no Vaticano para minar os monopólios da Ordem, em acção combinada com o seu crescente poderio militar.

 O cronista espanhol das negociações, Frei Bartolomeu de Las Casas, invejou a competência da missão portuguesa. No livro "História de Las Índias" , escreveu: "No que julguei, tinham os portugueses mais perícia e mais experiência daquelas artes, ao menos das coisas do mar que as nossas gentes". Sem a menor dúvida, era a vantagem dada pela estrutura secreta da Ordem.

 Portugal saiu-se bem no acordo. Pelas bulas Inter Coetera, os espanhóis tinham direito às terras situadas mais de 100 léguas a Oeste e Sul da Ilha dos Açores e Cabo Verde. Pelo acordo de Tordesilhas, a linha divisória e imaginária, que ia do polo norte ao polo sul, foi esticada para 370 léguas, reservando tudo que estivesse a leste desse limite para os portugueses