A Ordem de Cristo, sendo prosseguimento da Ordem dos Templários tinham normas secretas e só conhecidas na totalidade pelo grão-mestre, e seus substitutos hierárquicos. Ao entrar na Ordem, o iniciado conhecia só uma parte das regras que o guiavam e, na medida em que era promovido, sempre em batalha, tinha acesso a mais conhecimento, reservados aos graus hierárquicos superiores. Rituais de iniciação marcavam as promoções. Foi essa estrutura que permitiu, mais tarde, à Ordem de Cristo manter secreto os conhecimentos de navegação do Atlântico.

Usavam a  cruz vermelha em fundo branco nas naus portuguesas; a mesma que a Ordem dos Templários usava.

Era , todavia, todo o forte mistério e simbologia  de Jesus Cristo que as nossas caravelas levavam pelo mundo inteiro.

A crucificação de Jesus Cristo

 Por Velázquez

Com a morte de Jesus, os apóstolos, principais testemunhas da sua vida, reunem-se numa comunidade religiosa composta essencialmente por judeus e centrada na cidade de Jerusalém. Esta comunidade praticava a comunhão dos bens, celebrava a "partilha do pão" em memória da última refeição tomada por Jesus e administrava o batismo aos novos convertidos. A partir de Jerusalém, os apostólos partiram para pregar a nova mensagem, anunciando a nova religião inclusive aos que eram rejeitados pelo judaísmo oficial.

A Cruz Cristã é o símbolo mais comum do cristianismo, representando o sacrifício redentor de Jesus ao ser crucificado, conforme relatado no Novo Testamento.

O Castelo de Tomar virou a caixa-forte dos segredos que a Inquisição não conseguiu arrancar. Até a metade do século XV, os Cavaleiros saíram na frente sem esperar pelo Estado Português. Uma vez anunciada a colonização, eventualmente doavam à Família Real o domínio material dos territórios, mantendo o controle espiritual.

A corte, interessada em promover o desenvolvimento da produção de riquezas e do comércio, cabia então consolidar a posse do que havia sido descoberto.

 Os Templários tinham em suas mãos relatórios reservados de navegadores que já haviam percorrido regiões desconhecidas e ver preciosidades como as tábuas de declinação magnética, que permitiam calcular a diferença entre o polo norte verdadeiro e polo norte magnético que aparecia nas bússolas. E à medida que as conquistas avançavam no Atlântico, eram feitos novos mapas de navegação astronómica, que forneciam orientação pelas estrelas do hemisfério sul, a que também unicamente os iniciados tinham acesso.

 Pedro Alvares Cabral só esteve no comando da esquadra porque como iniciado era Cavaleiro da Ordem de Cristo e como tal, tinha duas missões: criar uma feitoria na Índia e, no caminho, tomar posse de uma terra já conhecida (Brasil). Sua presença era indispensável pois só a Ordem de Cristo, herdeira da Ordem dos Templários tinha autorização para ocupar os territórios tomados dos infiéis.

A Espanha depois de vencer Portugal numa guerra de dois anos na fronteira, os reis Fernando e Isabel, começaram a interessar-se pelas terras de além mar. Com a viagem vitoriosa de Colombo à América, em 1492, o Papa Alexandre VI, um espanhol de Valência, reconheceu em duas bulas, a Inter Caetera, o direito de posse dos espanhóis sobre o que o navegante genovês havia descoberto e rejeitou as reclamações de D. João II de que as novas terras pertenciam a Portugal.

O Rei não se conformou e ameaçou com outra guerra. A controvérsia induziu os dois países a negociarem, frente a frente. Na Espanha, um tratado para dividir o vasto novo mundo que todos pressentiam: "O Tratado de Tordesilhas".

 Mas à medida que foi sendo consolidado o comércio na rota das índias, a partir da sua descoberta em 1498, a coroa foi absorvendo gradualmente os poderes da Ordem. Até que em 1550 o rei D. João III fez o papa Júlio III fundir as duas instituições. Com isso, o grão-mestre passa a ser sempre o rei de Portugal, e o seu filho tem o direito de sucedê-lo também no comando  da Ordem de Cristo e das expedições.

Mas o sucesso atraía a competição. A Espanha, tradicional adversária, também fazia política no Vaticano para minar os monopólios da Ordem, em acção combinada com o seu crescente poderio militar.

 O cronista espanhol das negociações, Frei Bartolomeu de Las Casas, invejou a competência da missão portuguesa. No livro "História de Las Índias" , escreveu: "No que julguei, tinham os portugueses mais perícia e mais experiência daquelas artes, ao menos das coisas do mar que as nossas gentes". Sem a menor dúvida, era a vantagem dada pela estrutura secreta da Ordem.

 Portugal saiu-se bem no acordo. Pelas bulas Inter Coetera, os espanhóis tinham direito às terras situadas mais de 100 léguas a Oeste e Sul da Ilha dos Açores e Cabo Verde. Pelo acordo de Tordesilhas, a linha divisória e imaginária , que ia do polo norte ao polo sul, foi esticada para 370 léguas, reservando tudo que estivesse a leste desse limite para os portugueses.