A questão da indemnização da Igreja Católica pela nacionalização dos seus bens durante a 1ª República é considerada por Salazar. Apesar da sua acção no Centro Católico e de ser ele mesmo profundamente católico, a separação de poderes entre o Estado e a Igreja é uma afirmação clara do salazarismo, mas Salazar procurou dar grandes privilégios para a Igreja, para que esta o apoiasse. A definição das relações entre o Estado português e a Igreja Católica viria a oficializar-se em 1940 através da Concordata.