Em 1833, vislumbrando-se a vitória liberal, D. Pedro manda o marquês de Loulé buscar a sua filha a Paris, onde ficara. Em 1834, ano também da morte de seu pai, D. Maria é proclamada rainha.
Com quinze anos apenas, D. Maria II tem a seu cargo um país destroçado pelas invasões francesas e pela guerra civil, enfrentando uma grave crise financeira, e vê-se no centro das lutas entre cartistas e vintistas. Logo no primeiro ano do seu reinado debate-se com intrigas, agitações, questões graves como o Contrato do Tabaco, da venda conjunta das Lezírias e o problema do envio do corpo expedicionário contra os carlistas de Espanha.
Em 28 de Janeiro de 1835 casa com o príncipe Augusto de Leuchtberg, que morreria dois meses depois. A 9 de Abril de 1836 casa em segundas núpcias com D. Fernando de Saxe-Coburgo-Gota. Do enlace nasceram onze filhos, entre D. Pedro e D. Luís, futuros reis de Portugal.
Sucedem-se os movimentos de revolução e contra-revolução, dos quais a rainha nem sempre se mantém alheia. Assim, aquando da Revolução de Setembro, D. Maria intenta, em Belém, o golpe de Estado que ficou conhecido por Belenzada. Em 1837, teria de enfrentar o movimento levado a cabo pelos sectores moderados - a Revolta dos Marechais. No ano seguinte, é confrontada com a aprovação da Constituição de 1838. Em Janeiro de 1842, novo golpe de Estado reporia a Carta outorgada por D. Pedro e traria à ribalta Costa Cabral, que acabaria por tornar-se próximo da rainha, chegando, na altura, a aventar-se a hipótese de entre ambos existir uma relação mais íntima. Segue-se em 1846 a Maria da Fonte e uma nova guerra civil - a Patuleia. Nesta terrível crise, em que as Juntas revolucionárias por todo o reino se opunham às forças governamentais, a rainha desenvolveu esforços no duplo sentido de activar a resistência liderada por Saldanha e evitar a intervenção estrangeira, o que acabaria por acontecer, só terminando com a Convenção de Gramido em 1847. Por tudo isto se constata que D. Maria II governou num período particularmente díficil da História portuguesa, momento da dolorosa passagem do absolutismo ao constitucionalismo.